佣金支出係營利事業對經紀人、代理人或代銷商因介紹或代理銷售產品或服務而支付之報酬，因此有無支付佣金之必要，應以有無實際提供仲介勞務為判斷標準，若營利事業未提示足資證明確有居間仲介事實之證明文件，則不得列報為營利事業費用。
      舉例說明，A公司103年度營利事業所得稅結算申報，列報給付B公司佣金支出4百餘萬元，經國稅局以其未提示確有居間仲介事實證明文件剔除補稅。A公司不服，申請復查，主張已提示佣金合約、匯款憑證及收據等資料，其與B公司確有居間仲介事實。經本局查核結果，以A公司並未提出銷貨收入分類帳，無從得知其三角貿易銷貨收入之國外各筆買受資料，亦未提示相關佣金支出計算方式，致無從和匯出外銷佣金支出明細表比對；又依其提出之結匯證明單，系爭佣金支出款項係匯予C君，尚非B公司，其無法提出系爭佣金支出之轉付證明，自難認定B公司有為A公司提供居間仲介業務之事實，原核定予以剔除補稅並無不合。A公司循序提起訴願及行政訴訟，案經最高行政法院判決駁回確定在案。
      營利事業列報佣金支出，除出具合約及匯款證明等資料外，並應提供居間仲介事實往來證明文件，以免因不符營利事業所得稅查核準則第92條規定，遭補稅處罰。

財務會計所得是依一般公認會計原則計算而來，目的在提供投資者或債權人公允表達的財務資料；稅務課稅所得是依所得稅法及相關法令規定計算，故產生財務及稅務上之差異，報稅時要作帳外調整，列舉常見四大財稅差異說明如附表。

      舉二例說明，甲公司105年度營利事業所得稅結算申報案，本局發現該公司列報高價乘人小客車之折舊費用，直接以購入成本500餘萬元按5年計算折舊費用。因該乘人小客車於104年底購入，依稅法規定耐用年數計提折舊時，其實際成本以不超過250萬元為限，而甲公司仍按實際購入成本500餘萬元計算折舊費用，致超限予以剔除補稅。
      乙公司105年度結算申報2百餘萬元兌換虧損，乙公司財務處理於會計年度終了日先行估列兌換虧損，但105年底都未支付該筆貨款，雖然匯率變動，然尚未辦理結匯匯付，列報兌換虧損因尚未實現還不能認定，故予以調整補稅。
      本局特別提醒，營利事業依財會規定計算損益，但於辦理營利事業所得稅結算申報時，應注意稅法上相關規定於申報書內自行調整，以免不符規定被調整補稅，影響自身權益。